Основным документом, регулирующим отношения в области защиты прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора), муниципального контроля является Федеральный закон от 26.12.2008 № 294-ФЗ «О защите прав Способы зашиты прав субъектов предпринимательской деятельности
юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора) и муниципального контроля».
Вместе с тем, устанавливая в ст. 3 Федерального закона принципы защиты прав юридических лиц, индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора), муниципального контроля, законодатель не называет способы такой защиты.
Из CT.CT.23 и 24 указанного Федерального закона следует, что способы защиты зависят от того, какой порядок избран: административный либо судебный. В части 1 ст,23 указано на два возможных способа защиты прав юридических лиц, индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля  (надзора), муниципального контроля:
1) в административном (внесудебном) порядке, т.е. посредством обращения с жалобой в вышестоящий орган государственного контроля (надзора) или орган муниципального   контроля   либо   к   вышестоящему должностному   лицу;
2) в судебном порядке, т.е. посредством обращения с соответствующим заявлением в суд общей юрисдикции или арбитражный суд.
Каждый из них регламентируется процессуальными нормами, содержащимися в КоАП РФ, ГПК РФ либо АПК РФ. Помимо упомянутых «традиционных» видов защиты прав Федеральным законом № 294-ФЗ предусмотрена и общественная защита прав предпринимателей, осуществляемая объединениями юридических лиц, индивидуальных предпринимателей, саморегулируемыми организациями.
Такие объединения вправе обращаться в органы прокуратуры с просьбой принести протест на противоречащие закону нормативные правовые акты, на основании которых проводятся проверки юридических лиц, индивидуальных предпринимателей; а также обращаться в суд в защиту нарушенных при осуществлении государственного контроля (надзора), муниципального контроля прав и (или) законных интересов юридических лиц, индивидуальных предпринимателей, являющихся членами указанных объединений, саморегулируемых организаций.
Помимо обращений в судебные органы и органы прокуратуры, ст. 20 Федерального закона № 294-ФЗ прямо предусмотрена возможность обращения с заявлением в вышестоящий орган государственного контроля (надзора), которым результаты проверки, проведенной нижестоящим органом государственного контроля (надзора) с грубым нарушением установленных Федеральным законом № 294-ФЗ требований к организации и проведению проверок, могут быть отменены.